| 教师姓名 | 刘振栋 | ||
职务职称 | 三级教授、博士生导师、软件工程方向硕士点负责人 | |||
研究方向 | 生物信息学/计算生物学、人工智能算法与深度学习、智慧城市智能感知与智慧交通、计算机软件与理论 | |||
招生方向 | 软件工程 | 人工智能 | 计算机技术 | |
联系电话 | 13964063526（同微信），136516965379（上海号） | |||
Liuzd2000@126.com, zdliu@sspu.edu.cn | ||||
办公地址 | 上海市浦东新区金海路2360号，计算机与信息工程学院， 28号楼，921 | |||
个人简介 | ||||
刘振栋，男，博士、三级教授、博士生导师，兼任985高校博导，清华大学优秀访问学者，美国哈佛大学、加州大学洛杉矶分校。上海市滨海贤人-领军人才获得者，上海市揽蓄人才B类获得者，科技明星/最亮科技星获得者，首位获吴文俊人工智能科技奖等省部级奖励多项。所指导研究生获中国研究生电子设计二等奖、山东省研究生优秀学术成果奖、山东省研究生创新成果奖、优秀研究生毕业生等奖励多项,科研成果获2025年世界人工智能与生物医药十大进展。 2018.11-2019.11 美国哈佛大学、加州大学洛杉矶分校访问学者 2015.09-2016.07 清华大学自动化系优秀访问学者 2011.09-2014.06 山东大学 计算机软件与理论 博士学位 在中国最高学府——清华大学学习：合作导师是国内外知名人工智能专家，中国工程院院士、CAAI理事长、清华大学信息学院院长、国家重点研究中心主任、国务院参事、戴院士，获清华大学优秀访问学者称号； 在世界最高学府——美国哈佛大学和加州大学洛杉矶分校访学：合作导师是国际著名生物信息学家，统计学界的诺贝尔奖COPSS Presidents Award的获得者，美国科学院院士，哈佛大学（2026年US News 全球最佳排名第1位）JunSLiu 教授；美国名校加州大学洛杉矶分校(University of California, Los Angeles，2024-2025年US News 全球最佳大学排名第11位)访问学者。 世界顶刊发表论文：在Nature子刊发表世界顶级期刊论文：联合中山大学国家重点实验室（国家在该学科唯一国家重点实验室）团队以共同第一作者在世界顶刊Nature 子刊发表论文，是学院历史性突破。 2次荣获中国智能科学最高奖（皆为所在学校历史性突破）：截止目前，已两次斩获被誉为“中国智能科学最高奖”的吴文俊人工智能科技进步二等奖（30多位院士北京会评）和三等奖（20多位院士北京会评），均为所任职学校历史上首次获得。也是2022年度在原工作单位，在山东省内在当年度唯一的单位获奖奖项。 数字市政山东省工程技术中心（省部级）副主任，山东省智慧照明工程技术中心副主任（省部级）。获山东省济南市稼轩人才称号、山东省济南市科技副总（济南市委人才办版发）。 发表论文160余篇，其中第一作者或通讯作者发表包括世界顶刊Nature子刊中科院一区、JCR Q1区在内的SCI/EI检索论文120余篇，主编和参编学术专著、教材6部（其中首位科学出版社学术专著2部）。主持或参与国家级与省部级以上项目30余项。其中主持或参与国家自然科学基金（面上项目）、国家自然科学基金（重点项目）、国家科技部重点研发计划，国家发改委促进大数据发展重大工程、国家工信部新一代人工智能产业创新重点项目、山东省自然科学基金（面上项目）、山东省科技发展计划（重点研发）项目、国家住建部科技项目、山东省中央引导地方科技发展资金项目等国家级及省部级项目30余项，首位授权国家发明专利与软件著作权60多项，获2025年度世界生物医药与人工智能大会最佳论文。 国家自然科学基金函评专家，上海市、广东省、山东省、河南省等省市科技奖励及科技重大计划评审专家，国际生物信息学会理事，国际计算生物学会理事，山东省生物信息学会副理事长，上海市生物信息学会监事，德国AILab实验室主要成员（兼职）。中国计算机学会CCF高级会员，中国人工智能学会CAAI高级会员，美国ACM会员、IEEE会员。中国人工智能学会CAAI深度学习专委会委员、生物信息学与人工生命专委会常务委员、人工智能基础专委会委员；中国生物信息学会计算生物学与生物信息算法专委会常务委员、生物分子结构预测与模拟专委会委员；中国计算机学会CCF人工智能与模式识别专委会执行委员，理论计算机科学专委会执行委员，生物信息学专委会执行委员；中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会委员，微电子与光电子材料与器件专家委员会常务委员。山东省人工智能学会常务理事，山东省济南市计算机学会常务理事，山东省人工智能学会视觉应用与智能技术专委会常务委员上海市生物信息学会监事、委员，上海市计算机学会算法专委会委员、生物信息学专委会委员，CCF标准工作委员会专家委员会委员。 成功申请并组织完成由我校主办，复旦大学、上海交通大学、上海市生物信息学会、上海市计算机学会生物信息学专委会协办的中国计算机学会CCF生物信息学Bio-3New大会，任组委会大会主席。 | ||||
主要论文、专利及著作情况 | ||||
1、He-Xu Chen, Zhen-Dong Liu*, Xin Bai, Bo Wu, Rong Song, Hui-Cong Yao , Ying Chen, Wei Chi , Qian Hua , Liang Cheng & Chuan-Le Xiao，Accurate cross-species 5mC detection for Oxford Nanopore sequencing in plants with DeepPlant. Nature Communications, 2025(16):3227:1-12.（共同一作）（国际顶刊，中科院一区，TOP期刊，JCR Q1区，影响因子IF=16.1） 2、Zhendong Liu*, Jun S. Liu,Dongqing Wei, RongjunMan, Jiamin,Jiang,Bofeng Zhang,Liping Li,Zhiyong Zhao,OptimDase: An Algorithm for Predicting DNA Binding SiteswithCombined Feature Encoding,Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences,2025(17):1-13.( JCR Q1区，中科院二区) 3、张世华、张学工、刘振栋等，中国人工智能系列白皮书-人工智能驱动的生命科学，中国人工智能学会，2024.07 4、Zhendong Liu*, Jun S Liu, Dongqing Wei, Yanjie Wei,RongjunMan,The Algorithms of Predicting DNA Binding Site with Combined Feature Encoding and Optimum Decision, ACM BCB, 2024:1-8. (世界知名美国计算机学会ACM主办，计算机诺贝尔奖-图灵奖就是美国ACM设立) 5、刘振栋、肖传乐、邹权、张博锋.学术专著：《生物信息学中RNA结构预测算法与复杂性》，ISBN:978-7-03-078172-7 北京：科学出版社，国家一类出版社，，国家学术专著最高出版社，2024.02,（第一署名） 6、刘振栋（独著）.学术专著：《RNA折叠结构预测算法与计算复杂性》，ISBN:978-7-03-062144-3，北京：科学出版社，国家一类出版社，2019.10 （独立作者） 7、Zhendong Liu,Yurong Yang, Dongyan Li, Qionghai Dai et al,Prediction of RNA tertiary structure based on random sampling strategy and parallel mechanism, Frontiers in Genetics, Section Computational Genomics,2022,Volume 12, Article 813604 Pp 1-10 , 2022-01-05, IF=4.933（JCR Q1区，SCI期刊论文，影响因子IF=4.599）（第一作者） 8、Zhendong Liu, Xinrong Lv, Qionghai Dai et al. Predicting Algorithm of Tissue Cell Ratio Based on Deep Learning using Single-cell RNA Sequencing, Applied Science,2022.06.07 (SCI期刊论文) （第一作者） 9、Zhendong Liu, Xi Chen et al. Predicting Algorithm of attC Site Based on CombinationOptimization Strategy.Connection Science，2022.06.27 10、Zhendong Liu, Dongyan Li, Qionghai Dai et al. Improved Optimal Path Finding Algorithm of Multi-storey Car Park Based on MCP Protocol,Wireless Communications and Mobile Computing, 2022, Vol. 2022, Article ID 3821414, 9 pages （国际SCI期刊论文）2022.03.09（第一作者） 11、Zhendong Liu,Yurong Yang, Dongyan Li et al, Design and Implementation of the Optimization Algorithm in the Layout of ParkingLot Guidance,Wireless Communications and Mobile Computing, 2021,2020,V8, pp:1-6. 2021.04.12 （国际SCI期刊论文）（第一作者） 12、Zhendong Liu,Gang li, Jun S Liu., New Algorithms in RNA Structure Prediction Based on BHG, International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence,2020,34(13),2050031(14 pages), 2020.05.13 (国际SCI期刊论文) （第一作者） 13、Zhendong Liu,Daming Zhu,Qionghai Dai.Predicting Model and Algorithm in RNA Folding Structure including Pseudoknots,International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence,2018, 32(10),1851005(17 pages) 2018.04.26 (国际SCI期刊论文) （第一作者） 14、Mengting Niu, Jin Wu, Quan Zou, Zhengdong Liu*，Lei Xu. Predicting RNA-binding proteins using deep learning,Journal of Biomedical and Health Informatics,2021.09.07, Vol 25,No 9,3668-3676 （国际SCI期刊，JCR Q1区,影响因子IF=7.021），第一通讯作者） 15、Zifan Guo , Pingping Wang , Zhengdong Liu* and Yuming Zhao,Discrimination of Thermophilic Proteins and Non-thermophilic Proteins Using Feature Dimension Reduction，Frontiers in Bioengineering and Biotechnology,2020,V8,Article 584807 pp:1-10,2020.10.22 (国际SCI期刊，JCR Q1区，影响因子IF=6.303) 第一通讯作者） 16、Zhendong Liu,Daming Zhu,Qionghai Dai. Improved Predicting Algorithm of RNA Pseudoknotted Structure, International Journal of Computational Science and Engineering, 2019 19(1),64-70. 2019.04.26 EI期刊论文 （第一作者） 17、Zhendong Liu, Dongyan Li, Xi Chen,Xinrong Lv,Daming Zhu,Xiaofeng Li Predicting Algorithm of Transcription Factor Binding Sites Based on Weighted Multi-Grained Scanning, 2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2022),3085-3092, 978-1-6654-6819-0/22/$31.00 ©2022 IEEE CCF B （第一作者） 18、Zhendong Liu,Xi Chen,Dongyan Li, Xinrong Lv,Daming Zhu,Xiaofeng Li, Prediction Algorithm of DNA Sites Based on Weighted Feature Matrix, 2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2022),3093—3100, 978-1-6654-6819-0/22/$31.00 ©2022 IEEE . CCF B（第一作者） 19、刘振栋等.教材：Web 技术设计与开发，清华大学出版社，2017.12，ISBN: 978-7-302-46800-4, 674千字.（第一署名） 20、授权国际发明专利：Parking Guidance and Control System Based on Parking Space Information，授权专利号：2021/07904，South Africa Officia Portal, 授权日期：2021.12.22 （第一位）21、授权国家发明专利：一种基于并行和蒙特卡罗策略的RNA三级结构预测方法， 专利号：ZL202111428461.5，授权时间2023-10-2（第一位） 22、授权国家发明专利：一种停车场车位最优路径停车位查找方法，授权号：ZL202111524959.1，授权日期：2023-4-18。（第一位） 23、授权国家发明专利：一种基于带权多粒度扫描的转录因子结合位点预测方法，ZL202210535743.3，授权日期：2022-8-5，（第一位） 24、授权国家发明专利：一种基于XGBoost的DNA重组位点预测方法，授权专利号：ZL202210024162.3，授权日期：2022-05-27（第一位） 25、授权国家发明专利：一种基于卷积神经网络的细胞反卷积预测方法，授权专利号：ZL202210003514.7，授权日期：2022-04-22。（第一位） 26、授权国家发明专利：一种基于带权多粒度扫描的转录因子结合位点预测方法，授权专利号：ZL202210535743.3，授权日期：2022-08-05 （第一位） 27、授权国家发明专利：含假结基于扩展结构的核糖核酸折叠结构预测方法与装置，专利号： ZL201910367639.6，授权时间2020-02-25（第一位） 28、授权国家发明专利：基于K茎的核糖核酸假结结构的预测方法及装置,专利号：ZL201410480038.3,授权时间2017-10-20（第一位） 29、授权国家发明专利：包含假结的RNA结构预测方法，专利号：ZL201310136386.4,授权时间2016-3-9.（第一位） 30、授权国家发明专利：基于茎区的核糖核酸二级结构的预测方法及装置，专利号：ZL201010252296.8，授权时间2017-11-9（第一位） 31、国家发明专利：基于多模型动态集成的 DNA 位点识别方法及装置，专利号：202510978817.4，申请时间2025-07-16（第一位）
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主要科研项目 | ||||
（1）国家自然科学基金（面上项目），含假结的RNA折叠结构预测算法及复杂性研究，直接经费63万.（总经费74万），基金号：61672328，项目主持人（总经费列当年全校第一） （2）山东省自然科学基金（面上项目）: 基于茎区包含假结点的RNA二级结构预测算法研究.已结题（三位评审专家评价皆为A）.项目主持人 （3）山东省科技发展计划（省重点研发）项目：智能交通与车位库信息诱导管理系统研究， 项目编号：20GGX101029，已结题，项目主持人, （4）国家住房和城乡建设部科技计划项目: 智慧交通信息化解决方案-车位库信息诱导管理系统研究.项目编号：201-K8-071，项目主持人 （5）生物物理省部级重点实验室基金：RNA分子结构模拟算法与药物设计研究， 项目编号：2024KFKT003，2025.01-2027.12，项目主持人 （6）横向项目：基于人工智能技术的现代烟草农业精细化与合作社专业化研究，100万，河南省烟草公司市公司科技项目，项目主持人 （7）横向项目：生物信息学与人工智能感知深度融合研究，2025.01-2025.12， 项目主持人 （8）生物信息与生物医学医工结合难点关键技术研发与应用，2024.07-2027.07,项目主持人 （9）基于物联感知与人工智能的智慧城市与智慧能源关键技术研发及应用，项目主持人 （10）智慧城市智能感知关键技术研发与应用，项目主持人 | ||||
荣誉及获奖 | ||||
1、智慧城市建设中智能感知技术创新及应用，2024年度吴文俊人工智能科学技术奖-科技进步二等奖（省部级）（“中国智能科学技术最高奖”，30多位院士会评，全国17项，上海市2项），学校历史首次获得，证书编号：KJJB-2024-2-D-R01，2025-2-20（排名第一） 2、三代测序前沿计算基础算法理论及应用（支撑材料Nature子刊），获2025年世界人工智能与生物医药十大进展，国际生物信息学会（ISB）以及SCI Q1杂志交叉科学-计算生命科学（Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences），2025.10 3、智慧交通与车辆信息诱导关键技术研发与应用，2022年度吴文俊人工智能科学技术奖-科技进步三等奖（省部级）（“中国智能科学技术最高奖”，20多位院士会评，全国12项，山东省唯一获奖高校和单位），证书编号：KJJB-2022-3-B-R01，2023-3-12（排名第一）） 4、车位信息诱导管理系统，山东省研究生优秀学术成果奖（省部级），鲁教研函〔2021〕12 号，2021-10-20，证书编号：2021YXCG430，研究生指导教师（唯一），学院历史首次获得。 5、车位信息诱导管理系统，中国研究生电子设计大赛华北赛区二等奖（省部级），中国学位与研究生教育学会、中国科协青少年科技中心、中国电子学会.证书号：GEDC-02210200316，2021-7-15，研究生指导教师（唯一） 6、生物信息识别预测算法，2022年山东省研究生创新成果奖（省部级），鲁教研函[2022]16号，山东省教育厅，2022-12-30，研究生第一指导教师（第一位） 7、基于机器学习的RNA三级结构预测算法与复杂性研究（硕士论文），校级优秀硕士论文，2022-09-22,研究生指导教师（唯一） 8、Excellent Conference Paper(国际会议最佳论文奖Presented to Prof. Zhendong Liu)，2025 International Conference on Biomedicine and Artificial Intelligence, Shanghai, China,2025.10. | ||||
